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Sonderforschungsbereich 415:
"Spezifität und Pathophysiologie von Signaltransduktionswegen"
an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Projekt Z1: »Systematische Expressionsanalyse«
Zusammenfassung
Die systematische Analyse der Genregulation stellt ein wichtiges Element
innerhalb der Untersuchungen zur Spezifität und Patophysiologie von
Signaltransduktionswegen dar. Die Technologie sogenannter "cDNA-Microarrays"
ermöglicht die parallele Expressionsanalyse einer großen Anzahl von
Zielgenen. Diese Microarrays basieren auf dem quantitativen Nachweis
einzelner cDNA-Spezies aus komplexen cDNA-Proben durch Hybridisierung mit
komplementären Oligonukleotiden oder Plasmidsequenzen. Hierzu werden die
PCR-Produkte auf einer Nylon- oder Glasoberfläche immobilisiert. Nach der
Hybridisierung mit einer markierten Probe (Radioaktiv- oder
Fluoreszenzmarkierung) kann ein Expressionsprofil für die jeweilige
Kondition erstellt werden.
Im Rahmen des Teilprojektes sollen in Zusammenarbeit mit dem Max Planck
Institut für molekulare Genetik cDNA-Microarrays zu vier verschiedenen
Bereichen entwickelt, hergestellt und angewendet werden:
- Apoptose
- Differenzierung und Regeneration
- Entzündung und Infektion
- Muriner Array
Zur Verwendung kommt hierbei die Technologie der "Glas-Arrays", die mit
fluoreszenzmarkierten Proben hybridisiert werden. Die vier Arrays werden
jeweils etwa 500 verschiedene Gene enthalten, die von den beteiligten
SFB-Mitgliedern ausgewählt wurden. Jedes Gen wird durch zwei
sequenzverifizierte Klone auf dem Array repräsentiert. Zudem werden alle
Klone als Duplikate auf dem Array vorhanden sein. Darüber hinaus wird ein
starkes Gewicht auf der Normalisierung und Standardisierung der cDNA-Arrays
liegen, um die Qualität und Reproduzierbarkeit der Expressionsdaten zu
gewährleisten. Die Speicherung der Expressionsprofile in einer zentralen
Datenbank ermöglicht allen SFB-Mitgliedern vereinfachten Datenaustausch und
Datenvergleich, und verbessert somit die Möglichkeiten der
wissenschaftlichen Zusammenarbeit innerhalb des SFB 415.
Projektrelevante eigene Veröffentlichungen
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Costello, C. M., Mah, N., Hahn, A., Lu, T., Albrecht, M., Gurbuz, Y., Nikolaus, S., Hampe, J., Klöppel, G., Eickhoff, H., Lehrach, H., Lengauer, T., Schreiber, S. (2004)
 Dissection of inflammatory bowel disease pathophysiology using high-density full-genome cDNA microarrays |
| PNAS, in revision |
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Lu, T., Costello, C.M., Croucher, P.J.P., Häsler, R., Deuschl, G., Schreiber, S.. (2004)
A simple and general microarray normalization technique using Zipf's law. |
| Nucleic Acids Research, in Revision |
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Mah, N., Thelin, A., Lu, T., Nikolaus, S., Kühbacher, T., Gurbuz, Y., Eickhoff, H., Klöppel, G., Lehrach, H., Mellgård, B., Costello, C. M., Schreiber, S. (2004)
Comparison of oligonucleotide and cDNA-based microarray systems |
| Physiological Genomics, in press |
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